Promover, incentivar, facilitar y asesorar la organización y participación popular en materia de salud agrícola integral, mediante la lucha contra plagas y enfermedades en plantas y animales con la aplicación de los procesos y prácticas agroecológicas en la producción agrícola nacional.

La Dirección de Agroecología y Participación Popular del INSAI está adscrita a la Dirección General del Instituto, coordina y controla la gestión sustantiva-operativa en materia de agroecología y participación del poder popular y está conformada por tres unidades funcionales o equipos de trabajo:
- Coordinación de Procesos Agroecológicos.
- Coordinación de Calidad y Gestión del Conocimiento.
- Coordinación de Formación y Participación Popular.

Promover la salud agrícola integral, mediante el fomento de la ciencia agroecológica de la mano con la participación popular.
Coordinar y supervisar la aplicación de los principios de la ciencia agroecológica en las actividades de salud agrícola integral.
Dirigir, supervisar y controlar los procesos de producción, distribución, comercialización y uso de bioinsumos.
Promover y facilitar la participación protagónica de las comunidades en las actividades relacionadas con la salud agrícola integral según las normas legales y técnicas vigentes, y el cumplimiento de los principios agroecológicos.
Asesorar y acompañar al Poder Popular en la conformación y organización de los Comités de Salud Agrícola Integral y de los Comités de Integración de la Salud Agrícola Integral para la ejecución de las actividades que ellos desarrollen en la materia.
Promover y coordinar la difusión del modelo de producción agroecológico y la formación integral comunitaria sobre los diversos tipos de organización popular, técnicas productivas, derechos, deberes y garantías en materia de salud agrícola integral, para facilitar el ejercicio de la contraloría social en coordinación con los demás órganos ejecutores del Instituto.
Fomentar la relación permanente entre los servidores públicos del INSAI y los voceros y voceras de los Comités de Salud Agrícola Integral y los Comités de Integración de la Salud Agrícola Integral, a fin de cumplir con las actividades de salud agrícola integral en cogestión con la participación protagónica de las comunidades.
Elaborar, coordinar y evaluar con las demás unidades ejecutoras del Instituto y las comunidades, la formulación y ejecución de políticas, planes y proyectos de producción agroecológica, de acuerdo a los planes y programas de salud agrícola integral.
Elaborar contenidos técnicos, productivos y socio-políticos relacionados con la agroecología, con el objeto de informar y formar al personal técnico del INSAI y a los integrantes de las comunidades.
Coordinar conjuntamente con las Direcciones de Salud Animal Integral y Salud Vegetal Integral y demás unidades, las actividades institucionales a desarrollar las comunidades en materia de salud agrícola integral.
Supervisar, evaluar y controlar la aplicación de los principios agroecológicos en los procesos participativos y metodológicos que tuvieren lugar en la producción agrícola.
Coordinar con las Direcciones Sustantivas del INSAI y las expresiones del Poder Popular, la formación de las comunidades en los aspectos vinculados al ejercicio del derecho a la participación ciudadana y el control de la gestión pública a través de talleres, foros, seminarios y charlas.
Velar por la ejecución de las actividades de salud agrícola integral cumpliendo con las normas legales establecidas.
Atender y suministrar información conjuntamente con la unidad de Atención Ciudadana, sobre los servicios que ofrece el Instituto Nacional de Salud Agrícola Integral en las diversas materias de interés de los ciudadanos y ciudadanas y especialmente a las comunidades, en coordinación con las demás unidades del INSAI.
Fomentar y aplicar la calidad agroecológica, así como los proyectos y la gestión del conocimiento bajo los principios de la ciencia agroecológica, en función de la salud agrícola integral.
Establecer los requisitos técnicos para la emisión de los documentos otorgados por el Registro Único Nacional de Salud Agrícola Integral (RUNSAI), a saber: registros, permisos, certificaciones y autorizaciones, requeridos en las actividades relacionadas con la Agroecología.
Establecer, actualizar y notificar oportunamente los requisitos agroecológicos para realizar movilizaciones de salud agrícola integral por el territorio nacional.
Velar por la aplicación de los mecanismos de control interno requeridos para optimizar el funcionamiento de la unidad.
Velar por la elaboración, actualización y cumplimiento de los manuales de normas y procedimientos de la Dirección de Agroecología y Participación Popular del INSAI, a través de cada una de sus Coordinaciones.
Cumplir y hacer cumplir las disposiciones establecidas en las normas técnicas en materia de agroecología y participación popular pertenecientes a la Dirección.
Coordinar, elaborar, ejecutar y dar seguimiento al Plan Operativo Anual (POA) de la Dirección de Agroecología y Participación Popular del INSAI, a través de cada una de sus Coordinaciones, bajo las pautas establecidas por la Oficina de Planificación Estratégica del INSAI.