RUNSAI es el sistema matriz y de gestión para el Registro Único de la Salud agrícola integral en el INSAI ya que está encargado de tramitar diversos servicios, cumpliendo así con políticas de simplificación de trámites, debido a que le permite al usuario gestionar con su cuenta empresas y generar solicitudes en diversas áreas tanto jurídicas como naturales.

Es un sistema a través del cual se ejecutan procesos relacionados con la razón fundamental de la institución, debido a que permite y regula el registro de empresas en el área animal, vegetal así como productos y subproductos de ambos orígenes lo cual garantiza el óptimo desenvolvimiento de la salud agrícola integral de la nación, velando así por el cumplimiento de la legislación sobre defensas zoosanitarias y fitosanitarias impidiendo la introducción y/o diseminación de enfermedades y plagas que atentarían contra la sustentabilidad y soberanía agroalimentaria en el país.