Promover las prácticas agroecológicas en la producción agrícola y pecuaria, el uso de los Insumos Agroecológicos u Orgánicos (IAO) y el reciclaje de nutrientes, mediante las inspecciones agroecológicas (abordajes y acompañamientos) a productores y productoras a nivel nacional, con la finalidad de disminuir la carga tóxica reduciendo progresivamente el uso de agroquímicos en el territorio nacional, garantizando la conservación y regeneración de los suelos, las aguas y la biodiversidad, rescatando y difundiendo los conocimientos y prácticas ancestrales adoptadas por los agricultores, campesinos e indígenas; desarrollando sistemas agroalimentarios más eficientes, inclusivos, resilientes y sostenibles.

La Coordinación Nacional de Procesos Agroecológicos guía y asesora a productores y productoras en la transición de sus sistemas de producción tradicionales y contaminantes a modelos no contaminantes; colabora en la formulación, discusión y aplicación de soluciones innovadoras para el control de plagas y enfermedades en la agricultura y ganadería, utilizando siempre un enfoque agroecológico.

Elaborar, coordinar y evaluar con las demás unidades ejecutoras del Instituto en articulación con otras Instituciones y las comunidades, la formulación y ejecución de políticas, planes, programas y proyectos de investigación y producción agroecológica para la transformación del modelo productivo en concordancia con el marco legal vigente.
Proponer e impulsar el buen uso del diseño predial para mejorar la relación entre cultivo y animales, el potencial productivo y disminuir las limitaciones ambientales del clima y el paisaje para asegurar la sustentabilidad a corto, mediano y largo plazo, aplicando los principios de la trofobiosis.
Promover el uso de los bioinsumos localmente disponibles integrando los diferentes componentes de la unidad agroecológica.
Promover y velar por la reducción progresiva del uso de agrotóxicos en el territorio nacional.
Declarar y supervisar zonas libres de agrotóxicos en el territorio nacional.
Promover el reciclaje de nutrientes en las unidades agroecológicas, de acuerdo a los recursos disponibles en cada lugar, así como la conservación y regeneración de los componentes suelo, agua y la biodiversidad.
Realizar acompañamiento técnico a los productores y productoras cuyo modelo de producción esté dirigido al empleo de los bioinsumos.
Certificar el manejo orgánico y agroecológico de unidades de producción agroalimentaria en el territorio nacional.
Rescatar y difundir el conocimiento y las prácticas ancestrales ampliamente adoptadas por los agricultores y agricultoras, campesinos y campesinas e indígenas, revalorizando la vida de la comunidad cumbe, campesina e indígena.
Sistematizar, evaluar e interpretar la información estadística en materia de procesos agroecológicos para el establecimiento de modelos de producción agrícola ecológicamente sustentables.
Planificar, organizar y ejecutar jornadas de discusión y talleres de formación con los actores principales de los procesos productivos en articulación con la Coordinación de Formación y Participación Popular.
Elaborar, supervisar y promover propuestas para la transformación de sistemas de producción contaminantes a sistemas de producción no contaminantes hacia los productores y productoras del territorio nacional.
Elaborar, discutir e implementar programas de lucha contra plagas y enfermedades en plantas y animales, con la aplicación de los procesos agroecológicos, conjuntamente con la Dirección de Salud Vegetal Integral y la Dirección de Salud Animal Integral.
Velar por la aplicación de los mecanismos de control interno requeridos para optimizar el funcionamiento de la unidad.
Elaborar y velar por el cumplimiento y actualización de los manuales de normas y procedimientos de la Coordinación.
Elaborar, ejecutar y dar seguimiento al Plan Operativo Anual de la Coordinación, conforme al Proyecto de Agroecología y los lineamientos de la Oficina de Planificación Estratégica del INSAI.
Elaborar el Informe de Gestión de la Coordinación y remitir oportunamente a la Dirección de Agroecología y Participación Popular.
Las demás funciones que le confieren las leyes, reglamentos, resoluciones y otros actos normativos en materia de su competencia.